Пачеко также был родом из дворянской семьи и также вступил в Общество в возрасте 18 лет, поступив в знаменитый новициат в Вильярехо-де-Фуэнтес (Испания). Когда Валиньяно приехал в Алькалу в 1573 году, чтобы найти миссионеров для восточной миссии, на него произвел глубокое впечатление один из братьев, который, однако, внезапно заболел и не смог отправиться в путешествие.

Взамен был избран Пачеко. В то время он только что завершил свой курс философии и первые два года курса богословия. Все говорило о том, что ему предстоит стать настоятелем, так как он явно обладал даром налаживания межчеловеческих отношений. По прибытии в Индию он завершил свое обучение богословию и сначала был назначен министром Коллегии св. Павла, где занимался также переводом писем своих собратьев-иезуитов на испанский язык. Настоятель провинции был столь высокого мнения о нем, что ближе к концу 1579 г. отправил его в Европу для обсуждения некоторых трудных вопросов с генеральным настоятелем, который вскоре (в 1580 году) умер. Между тем последний португальский король Ависской династии скончался, и Португалия оказалась в юрисдикции короля Испании (в то время был Филипп II). О. Пачеко нанес ему визит и предоставил ему отчет о положении дел миссионеров в Индии. Это была полезная встреча, поскольку монарх не был благосклонен по отношению к португальским иезуитам. В 1581 г. Пачеко вернулся в Индию с группой миссионеров. Оказалось, что настоятель провинции с нетерпением ждал его, так как Пачеко был одним из самых верных и надежных членов Общества и, по мнению Валиньяно, должен был в будущем стать настоятелем провинции. Как священник-пастырь, он был особенно предан своей работе с обращенными. Он также служил советником при о. Аквавиве в Сальсетт, а перед тем некоторое время – социем настоятеля провинции.